Deux séjours au cours de cette année, c'est une ville superbe.
Par contre, je pourrai pas te conseiller au niveau hotel, je logeais chez des amis

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Mais le quartier où ils habitent est très bien desservi en transport, animé (nombreux commerces) et à 10 minutes en tram des lieux d'intérêts. Si tu as une opportunité pour un hôtel près de Anděl (prononcez "andjel"), je te conseille.
Les trams sont très très nombreux et peu chers (environ 4€ le pass pour la journée). C'est assez facile de se déplacer et agréable.
3 jours, c'est bien pour découvrir la ville. Après ça dépend de vos envies. Perso, c'était à chaque fois des balades dans la ville (archi, églises, sculptures), dans les parcs.
Le parc de Petrin est à faire avec son fameux funiculaire.
Si vous aimez les églises, vous serez servi, il y en a partout (même si souvent elles sont payantes :-# )
Le quartier du petit côté (Malá Strana) est agréable pour échapper à la foule. L'île Kampa est aussi un havre de paix dans le centre.
Pour le pont Charles, faites le tôt le matin ou le soir car c'est juste intenable en journée
Si vous aimez les sculptures, ne ratez pas le travail de David Černý (un peu partout en ville), artiste très connu là bas et qui fait souvent parler de lui pour ses œuvres controversés
Le Lonely Planet (un week-end à Prague) est pas trop mal pour les idées de visite.
Si tu es un peu geek, tu as une application Android gratuite avec plan de la ville et description des choses à voir, parcours... Bien foutu :
https://play.google.com/store/apps/details?id=cz.dul.platform.cz.prague&hl=enSi c'est votre premier séjours en Rép Tchèque, ne soyez pas surpris par la réaction des locaux. L'accueil est parfois (mais pas toujours) un peu froid mais ce n'est pas un manque de politesse, c'est juste culturel