J'ai trouvé les étapes suivantes sur un site sur l'histoire de Marseille :
Au début de l'ère Chrétienne, sous l'emprise de Rome, Massalìa devint Màssilia,
puis Màrsilia, et enfin, plus tard Marsìho, en provençal...
Je ne connaissais pas l'étape Màrsilia.
Pour l'arrivée du "r", je ne suis pas linguiste, mais je suppose qu'il s'agit d'une évolution provoquée par un changement de langue des autochtones. (Avec la tendance classique à modifier ce qui devient difficile à prononcer.)
Il me semble que le Grec a dû être parlé jusque vers le IV siècle à Marseille, mais après ont à dû tendre vers du latin teinté de celte.
PS : contrairement à ce que l'on entend de nos jours l'accent tonique de Massalia porte sur le "i".
Je suis assez surpris que l'on voit attribué le "r" à une influence arabe. Les arabes étaient des ennemis et ils n'ont jamais occupé notre ville, même si les Maures ont occupé des terres en Provence avant d'en être chassé.